pH值可以改变水的化学组成，导致水质发生质变。就鱼类的生存条件而言，当pH值高时，水体化学成分稳定发展，当pH值稍低时，水体化学成分开始恶性循环。当pH值较低时，土壤中的有机质溶解缓慢且不充分，释放出大量有害物质，其中以CH4、CO2和H2S为主。这些气体会破坏水体，一些气体如 H2S 会直接伤害鱼类。随着有机物酸化速度减慢，固氮菌生物活性降低，鱼饵生物无法大量繁殖，水质越来越差。在酸性水中，某些化学物质的有机化学形态会发生变化，如对金属离子的吸附能力减弱，甚至被吸附的物质解吸，使水中的悬浮物增加。分离出的重金属离子毒性增加，可抢夺生物活性物质的生命力基因，破坏生物体的酸性系统，使生物体无法生存。生产经验证明，如果将PH值提高到中性或微碱性，就有可能降低甚至消除这些毒性。例如，汞可以通过甲基汞有害物质的可塑性生成二甲基汞，自由蒸发和排放；铅可以通过一些替代生物吸附来沉积；铜也可以成为碱式硫酸铜的有毒沉积物。这种累积的金属材料毒性大大降低。还有一些有毒气体也发生了变化，如H2S是有毒的，当PH值升高时，会变成HS-或S-无毒形式； NH3有毒，当pH值升高时可变成NH4。当形状改变时，毒性就消失了； CO2虽然有毒，但当pH值升高时，其毒性明显降低。特别是上述因素的变化，直接引起溶解氧的调整。一般来说，溶解氧与pH值呈正相关。
水中的营养物质也受 pH 值影响。例如，当磷在pH 6.5和8.5之间时，被化学沉淀或吸附固定破坏的聚磷酸盐相对较少。小的.总之，要适当控制PH值，使水中的化学成分稳定发展。