推進制藥業清潔生產，提高原料的利用率以及中間產物和副產品的綜合回收率，通過改革工藝使污染在生產過程中得到減少或消除。由于某些制藥生產工藝的特殊性，其廢水中含有大量可回收利用的物質，對這類制藥廢水的治理，應首先加強物料回收和綜合利用。針對其醫藥中間體廢水中含量高達5％～10％的銨鹽，采用固定刮板薄膜蒸發、濃縮、結晶、回收質量分數為30％左右的（NH4）2SO4、NH4NO3作肥料或回用，具有明顯經濟效益；某高科技制藥企業用吹脫法處理甲醛含量極高的生產廢水，甲醛氣體經回收后可配成福爾馬林試劑，亦可作為鍋爐熱源進行焚燒。通過回收甲醛使資源得到可持續利用，并且4～5年內可將該處理站的投資費用收回，實現了環境效益和經濟效益的統一。但一般來說，制藥廢水成分復雜，不易回收，且回收流程復雜，成本較高。因此，先進高效的制藥廢水綜合治理技術是徹底解決污水問題的關鍵。

關于處理制藥廢水的研究已有不少報道，但由于制藥行業原料及工藝的多樣性，排放的廢水水質千差萬別，所以制藥廢水并沒有成熟統一的治理方法，具體選擇哪種工藝路線取決于廢水的性質。根據該廢水的特點，一般應通過預處理以提高廢水的可生化性并初步去除污染物，再結合生化處理。目前，開發經濟、有效的復合水處理單元是亟待解決的問題。同時，應加強清潔生產的研究，并在處理前期考慮廢水是否有回收利用的價值和適當的途徑，以達到經濟效益和環境效益的統一。